『「天草島原の乱」を中心としたキリシタン史』をコンセプトに、キリスト教の伝来、天草島原の乱、乱後の天草復興とキリスト教信仰として展示を分け、天草とキリスト教の歴史を紹介。「天草島原の乱」で、天草・島原一揆勢のシンボルとして伝世した国指定重要文化財「綸子地著色聖体秘蹟図指物（通称「天草四郎陣中旗」）、島原陣図屏風（複製）、乱関係古文書、その他天草キリシタン関係資料を展示。