明治二十七年日清戦争が始まってから漢神を祀ることを嫌い廃神とし、摂社の妙見社の社号を用いるようになったが、明治四十一年神社合祀の令によって志賀王子神社に合祀し社殿を取り壊した。昭和二年遥拝所を建て、石尾神社と改め、昭和二十年七月独立した神社となった。伏義・神農・黄帝の三像は日高町公民館に安置していたが、昭和五十八年十二月石尾神社に配祀神として合祀された。