創建年代は不明だが、中世には木曽義仲が厚い信仰をよせたことで知られている由緒ある神社である。 木曽義仲は出陣の時には、必ず妻籠の領首樋口氏によって、木曽川を渡舟して坂下神社に代参させ武運長久を祈願していた。平家追討の時、木曽川があいにく氾濫しており渡舟できなかった。そこで、献策を用いて嚆矢を射て、対岸にいた下組庄屋によって代参したことが１０月第２日曜日に開催される秋の大祭『花馬まつり』のおこりであると伝わっている。