日蓮が鎌倉にきて布教を行うために建てた草庵が、鎌倉の僧・武士によって焼き打ちされた。（松葉ヶ谷法難）その草庵跡に日 蓮が建てた法華堂が本圀寺で、本圀寺が室町時代に京都へ移されたあと、1357年（延文2）日叡が父の霊を弔うため、寺を再興したのが妙法寺の起こりとい われる。境内には美しい苔の石段があることから、「苔寺」ともいわれる。